拜仁慕尼黑足球俱樂部注冊協會（德語：Fu?ball-Club Bayern München eingetragener Verein）簡稱拜仁慕尼黑或拜仁，是一家設于德國巴伐利亞州（拜仁州）首府慕尼黑的體育俱樂部。其最為人所熟知的下屬部門是參加德國足球甲級聯賽，即是德國足球聯賽系統的頂級賽事的職業足球隊，這也是德國足球史上最成功的俱樂部，贏得超過30次德甲冠軍及20次德國杯冠軍。

拜仁慕尼黑最早由弗朗茨·約翰率領11名足球運動員在1900年創立。盡管曾在1932年贏得首次德國足球冠軍，但俱樂部卻并非德國足球甲級聯賽于1963年成立之初的創始成員。其最強大的時期是1970年代中期，在弗朗茨·貝肯鮑爾的帶領下，曾連續3次（1974年-1976年）奪得歐洲冠軍杯。整體而言，拜仁慕尼黑已11次進入歐洲冠軍聯賽及其前身歐洲冠軍杯的決賽，最近一次是在2020年，并奪得俱樂部歷史上的第六座歐洲冠軍獎杯。此外，拜仁慕尼黑也曾獲得過歐洲聯盟杯、歐洲優勝者杯、世俱杯和2次洲際杯冠軍，使其成為歐洲最為成功的足球俱樂部之一。

自2005-06賽季初期以來，拜仁慕尼黑離開原已使用了33年的慕尼黑奧林匹克體育場，遷入新的主場慕尼黑安聯球場。球隊的主色調為紅色及白色，隊徽核心的藍白格子則源自巴伐利亞州旗的顏色及樣式。以收入計算，拜仁慕尼黑是德國最大的體育俱樂部和全球第五大足球俱樂部，其于2023-24賽季創造的總收入為7.645億歐元。拜仁慕尼黑還是一家采取會員制的俱樂部，截至2023年共有約300,000名付費會員。此外在經俱樂部官方認證的逾4,557個球迷組織中也有超過362,446名成員。俱樂部除足球外亦設其它部門，在諸如國際象棋、手球、籃球、體操、保齡球、乒乓球、和大齡足球等項目中有1,100多位活躍會員。

截至2024-25賽季末，拜仁慕尼黑在歐洲足聯積分排名中位列第三。

拜仁慕尼黑在成立之前曾是慕尼黑男子體操俱樂部的足球部門。1900年2月27日，該俱樂部召開全體會議否決了足球部希望加入德國足球協會的請求，足球部的11名球員隨即退出會議，并于當晚在弗朗茨·約翰的帶領下創立了拜仁慕尼黑足球俱樂部。在短短的幾個月內，拜仁便以大比分戰勝了所有本地競爭對手，一舉殺入了1900-01賽季的南德足球錦標賽半決賽。在接下來的幾年中，拜仁獲得了多個當地聯賽的冠軍獎杯，并在1910-11賽季加入了新成立的縣級聯賽（德語：Kreisliga），這也是巴伐利亞州的首個區域性聯賽。拜仁獲得了聯賽創辦初年的冠軍，但卻無法再度奪冠，直至1914年第一次世界大戰開始后，德國停止了所有足球活動。

一戰結束后的幾年中，拜仁慕尼黑獲得了幾個區域性的賽事冠軍。1926年，球隊奪得了歷史上第一個南德冠軍，兩年后，他們再次復制了這一成就。1932年，拜仁首次在國家級賽事中登頂，當時的教練理查德·科恩率隊以2:0擊敗法蘭克福而獲得了德國足球冠軍。

隨著納粹主義在1930年代的抬頭，使得拜仁慕尼黑的發展戛然而止。俱樂部主席及主教練因為猶太人的身份而被迫離開德國，隊內的許多球員也遭到清除。拜仁被嘲諷為“猶太人的俱樂部”，其半職業化的模式也遭到制裁，球員不得不再次成為全業余運動員。在接下來的幾年中，拜仁已無法繼續參與全國冠軍的競爭，在當地聯賽中也僅僅排名中游。

第二次世界大戰結束后，德國的頂級聯賽被分為5個區域進行，拜仁成為其中南部高級聯賽中的一員。戰后的新開端非常困難，拜仁從1945年至1963年共聘用和解雇了13位主教練，但球隊的成績始終未見起色。1954-55賽季，拜仁不幸降級，但僅僅在一個賽季以后，球隊便重返南部高級聯賽，并且獲得了球隊歷史上的第一次德國杯冠軍，在決賽中，他們以1:0擊敗了杜塞爾多夫。1950年代末，拜仁陷入嚴重的財政危機，瀕臨破產。來自諾伊斯的企業家、同時也是拜仁的狂熱球迷羅蘭·恩德勒（Roland Endler）在此時出手相助，為俱樂部注入了必要的資金，作為回報，恩德勒也獲得了4年的俱樂部掌控權。1963年，德國的5個高級聯賽被整合為一個全新的德國足球甲級聯賽（德甲），其中南部高級聯賽將會有5支球隊入圍。拜仁在那一年獲得南部第3，冠軍則被另一支來自慕尼黑的球隊慕尼黑1860所奪得。1963年5月11日，德國足協通知拜仁，他們無法獲得新賽季德甲的參賽資格，因為足協不希望同一座城市出現兩支德甲俱樂部。拜仁就此錯過了成為德甲創始成員的機會，他們是在兩年后才依靠由年輕的天才球員弗朗茨·貝肯鮑爾、蓋德·穆勒以及塞普·邁耶組成的中軸陣容于1965年成功晉級德甲。

拜仁在德甲的第一個賽季最終排名第三位，同時贏得了德國杯冠軍，這也使他們有資格參加1966-67賽季的歐洲優勝者杯。在這屆優勝者杯決賽中，拜仁更是憑借弗朗茨·羅特在加時賽第18分鐘的進球以1:0戰勝格拉斯哥流浪者，贏得俱樂部歷史上的首個歐洲賽事冠軍。同年拜仁也成功衛冕德國杯冠軍，但在聯賽僅獲第六，整體進步緩慢。于是在1968年，拜仁迎來了南斯拉夫籍主帥布蘭科·澤貝茨，他用立足于防守的戰術思想取代了球隊此前的進攻型打法，并借此率隊在1969年實現了德甲歷史上的首個聯賽及杯賽雙冠王。而他在整個賽季一共只使用了13名球員。

1970年3月13日，烏多·拉特克接替澤貝茨成為拜仁主帥。在他執教的第一個賽季，拜仁就捧起了當年的德國杯。接下來的1971-72賽季，拉特克率球隊贏得了歷史上第三次德國足球冠軍。1972年6月28日，在該季最后一輪對陣沙爾克04的比賽成為新落成的慕尼黑奧林匹克體育場舉辦的第一場正式比賽，也是德甲歷史上首次進行電視直播的比賽。拜仁在比賽中以5:1大勝沙爾克04，奪得德甲冠軍之余，還刷新了聯賽的最高積分及最多進球等紀錄。接下來的兩個賽季，拜仁實現了德甲冠軍“帽子戲法”，但達到巔峰的勝利是在1974年歐洲冠軍杯決賽，拜仁在重賽中以4:0橫掃馬德里競技，首度加冕歐洲冠軍杯冠軍。球隊在隨后幾年于國內聯賽中并不順利，卻在歐冠賽場上捍衛了自己的歐洲冠軍地位。1975年的歐冠決賽中，拜仁憑借弗朗茨·羅特和蓋德·穆勒在比賽末段的兩粒進球戰勝了利茲聯，但烏利·赫內斯在決賽中受了重傷被迫退場，原先以速度見長的他再也沒能找回原本的狀態。但由于對方球員彼得·洛里默的一個進球被判無效，利茲聯的球迷非常不滿，賽場內發生了騷亂。利茲聯也因此在歐洲賽場上被禁賽3年。一年后在格拉斯哥舉行的歐冠決賽中，拜仁再次憑借羅特的進球以1:0擊敗圣艾蒂安，成為第三支獲得歐洲冠軍杯三連冠的球隊。在同年稍后舉行的洲際杯中，拜仁又在兩回合制的比賽中戰勝巴西俱樂部克魯塞羅，贏得最終的冠軍。這一時期的剩余時間成為改革時間，拜仁沒有再獲得任何的錦標。1977年，貝肯鮑爾加盟紐約宇宙、羅特在1978年轉戰奧地利和德國低組別聯賽、邁耶及剛滿27歲的赫內斯則在1979年退役，蓋德·穆勒也在同年轉投了勞德代爾堡前鋒（英語：Fort Lauderdale Strikers (1977–83)）。

1980年代，拜仁在球場外經歷了一段動蕩時期，其人事及財務狀況均發生了許多變化。在球場內，被球迷昵稱為“布萊尼格（Breitnigge）”組合的當家球星保羅·布萊特納和卡爾-海因茨·魯梅尼格帶領球隊在1980年和1981年奪得德國足球冠軍。在此后的兩個賽季拜仁卻僅收獲了1982年的德國杯冠軍。1983年，布萊特納宣布退役，前主教練烏多·拉特克則再度重返球隊。1984年，拜仁再獲德國杯冠軍，并且在6年中5次奪得各項賽事錦標，包括了1985-86賽季的雙冠王。但在這10年中，拜仁在歐洲賽場上并沒有贏下任何實質的獎項，只是在1982年和1987年獲得了歐洲冠軍杯的亞軍，分別輸給英國的阿斯頓維拉和葡萄牙的波爾圖。

1987年，尤普·海因克斯成為了拜仁的主教練。在1988-89賽季以及1989-90賽季的兩連冠后，拜仁的成績開始出現下滑。在1990-91賽季屈居亞軍后，1991-92賽季拜仁排名第10，僅僅領先降級區5分。1993-94賽季，拜仁慕尼黑在歐洲聯盟杯第二輪即遭英超球隊諾里奇城淘汰，后者就此成為唯一一支能在慕尼黑奧林匹克體育場擊敗拜仁的英國球隊。該賽季后半段，貝肯鮑爾回到拜仁接過帥鞭并獲得成功，帶領球隊在沉寂四年之后重新捧起德甲冠軍獎盤。貝肯鮑爾還同時被任命為俱樂部主席。

在此之后，繼任主教練的吉奧瓦尼·特拉帕托尼和奧托·雷哈格爾均沒有達到俱樂部的高期望值，只是分別在拜仁度過了一個碌碌無為的賽季。由于當時的拜仁球員通常登上八卦新聞版面而非體育新聞版，拜仁也因此被戲稱為“綠茵好萊塢”（FC Hollywood）。在1995-96賽季接近結束時，貝肯鮑爾又作為代理主教練暫時掌管了拜仁，隨即率隊奪得了歐洲聯盟杯，他們在決賽中擊敗了波爾多。1996-97賽季，特拉帕托尼重返球隊并帶領拜仁捧起了當年的德甲冠軍獎盤。但在接下來的一個賽季，拜仁在冠軍爭奪戰中輸給了雷哈格爾帶領的升班馬凱澤斯勞滕，特拉帕托尼也不得不再次離開了俱樂部。

在執教多特蒙德大獲成功后，奧特馬·希斯菲爾德于1998年至2004年間成為拜仁的主教練。在他入主的第一個賽季，拜仁獲得了當年的德甲聯賽冠軍，歐洲冠軍聯賽冠軍也幾乎到手，只是在決賽中全場領先的情況下被曼徹斯特聯于傷停補時階段的兩粒進球所擊敗。1999-00賽季，拜仁獲得了歷史上第三個雙冠王。隨后在2000-01賽季，拜仁直到聯賽最后一輪的最后一分鐘才鎖定自己的連續第三個德甲冠軍；幾天后，拜仁又在歐洲冠軍聯賽決賽上依靠點球擊敗了巴倫西亞，時隔25年之后重新捧起歐洲冠軍獎杯，可惜在德國杯第二輪早早輸給了低組別聯賽的黑馬馬德堡。2001-02賽季初，拜仁獲得了豐田杯的冠軍，但之后球隊在其它賽事乏善可陳。2002-03賽季，拜仁獲得了球隊歷史上的第四個雙冠王，領先第二名26分的成績也創造了德甲聯賽的歷史。希斯菲爾德的統治期在2004年終結，該年拜仁的表現令人失望，甚至在德國杯賽上也負于德乙球隊亞琛而止步不前。

球隊教鞭改由菲利克斯·馬加特接掌，他帶領拜仁連續獲得了兩次聯賽杯賽雙冠王。在2005-06賽季開始之初，拜仁的主場由原奧林匹克體育場搬遷至了新的安聯球場，新的球場同樣是與同城對手慕尼黑1860共同使用。拜仁在2006-07賽季的表現較為飄忽，除聯賽表現不佳外，杯賽上也再次輸給了亞琛，菲利克斯·馬加特于是在冬歇期過后不久即遭解職。

希斯菲爾德于2007年1月重返球隊，但拜仁在該賽季最終僅獲得了第四名的成績，十年來首次無緣歐冠比賽。而德國足協杯和聯賽杯的雙重失利則讓球隊在該賽季一無所獲。

在2007-08賽季開始前，拜仁對球隊的陣容進行了大刀闊斧的改造和重建。球隊一共簽下了8名球員并且出售、解雇或者租借了9名球員。其中，最重要的引援是三位在前一年世界杯上大放異彩的球員：從佛羅倫薩引進盧卡·托尼、從云達不來梅引進米羅斯拉夫·克洛澤以及從馬賽引進了弗蘭克·里貝里。新的引援成功奏效，他們再次獲得了2008年的雙冠王，并從聯賽開始起就一直占據榜首位置直至賽季結束。

這一賽季結束后，為拜仁鎮守多年的守門員奧利弗·卡恩正式退役，這使得俱樂部在未來幾年內都缺乏一名頂級門將。希斯費爾德也宣告退役，尤爾根·克林斯曼成為他的繼任者，與拜仁簽訂了一份為期兩年的合約。然而，克林斯曼甚至未能熬過首個賽季，這是源于拜仁在2008-09賽季首先迎來了一個糟糕的開局，先是在德國超級杯以1:2不敵多特蒙德，又在前6輪聯賽中只勝2場，繼而在德國杯八強被勒沃庫森淘汰。歐洲冠軍聯賽中，拜仁也在總比分12:1擊敗了葡萄牙體育并創造了歐冠淘汰賽階段最懸殊比分記錄后，被巴塞羅那以5:1淘汰出局。2009年4月27日，在拜仁主場敗給沙爾克04并滑落至聯賽第3后的第三天，克林斯曼被解雇，前主教練尤普·海因克斯以代理主教練的身份執教球隊直到賽季結束。球隊最終獲得了聯賽第二名，順利晉級下一賽季的歐洲冠軍聯賽。

2009-10賽季，拜仁聘請了帶領阿爾克馬爾飛躍性進步的荷蘭籍主帥路易斯·范加爾，而因皇馬大換血被放棄的荷蘭前鋒阿爾揚·羅本也加盟陣中。在接下來的十年里，羅本和里貝里共同塑造了拜仁的兩翼齊飛的邊路進攻風格。媒體迅速將這對組合昵稱為“羅貝里（Robbery，意為搶劫）”。此外，大衛·阿拉巴及托馬斯·穆勒也晉身一線隊。隨著穆勒的到來，范加爾甚至宣布“只要我在，穆勒將會一直上場”，這句話在此后幾年里已成為一條被廣泛引用的短語。在球場上，拜仁度過了自2001年以來最成功的一個賽季，確保本土雙冠。然而在2010年歐洲冠軍聯賽決賽中，拜仁以0:2不敵國際米蘭，未能實現德國球隊的首次三冠王偉業。盡管在2009-10賽季取得成功，但范加爾還是于2011年4月遭到解雇，因為拜仁在下個賽季德甲聯賽中落后，并在歐洲冠軍聯賽淘汰賽首輪因客場進球劣勢而再次被國際米蘭淘汰出局。范加爾的助手安德里斯·永克爾臨時接管球隊直至賽季結束，并取得聯賽第三。

2011-12賽季，拜仁再度請回了海因克斯擔任主教練。盡管俱樂部簽下曼努埃爾·諾伊爾，解決了卡恩的合適替代者問題，但球隊卻重蹈2002年勒沃庫森的“三亞王”悲劇，連續第二個賽季顆粒無收。在國內，無論是聯賽或杯賽均不敵多特蒙德屈居第二；而作為歐冠改制后第一支在主場參加決賽的球隊，拜仁也在點球大戰中敗給切爾西（3:4），成就了英格蘭球隊在安聯球場的首勝。

2012-13賽季，拜仁先是在德國超級杯中以2:1戰勝多特蒙德，其后拜仁在客場以5:0戰勝杜塞爾多夫后，成為了德甲歷史上首支取得開賽8連勝的球隊。2013年4月6日，拜仁又在聯賽還剩6輪的情況下提前奪冠，成為德甲歷史上最早產生的冠軍。拜仁在該賽季創造了多項德甲新紀錄，包括單季最高積分（91分）、單季最高分差（25分）、單季最多勝場（29場）、單季最高凈勝球差（+80）和單季最少失球（18球）等。2013年5月25日，拜仁在四年內第三次進入歐洲冠軍聯賽決賽，并在溫布利球場以2:1戰勝同國對手多特蒙德，第5次贏得歐洲冠軍獎杯。隨后在6月1日舉行的2012-13賽季德國杯決賽中，他們又以3:2戰勝斯圖加特，成為德國首支加冕三冠王的球隊。

前巴塞羅那主教練何塞普·瓜迪奧拉于2013-14賽季開始接掌拜仁成為主教練，但他率隊卻在新賽季的首場正式比賽、2013年德國超級杯中以2比4不敵多特蒙德。而在此前，拜仁還激活了馬里奧·格策在多特蒙德的3,700萬歐元最低解約條款，從而以創德國球員最高紀錄的身價將其簽入。2013年8月30日，拜仁在布拉格伊甸競技場通過點球大戰以5比4戰勝切爾西，歷史上首次奪得歐洲超級杯。2013年11月9日，拜仁在當季聯賽第12輪主場以3比0戰勝奧格斯堡后，以連續37場不敗的成績打破了由漢堡在30年前創造的連續36場聯賽不敗紀錄。2013年12月21日，拜仁在摩洛哥舉辦的2013年俱樂部世界杯決賽比賽中以2比0戰勝拉賈卡薩布蘭卡后，實現德國球隊的首次五冠王偉業 。2014年3月25日，拜仁在柏林奧林匹克體育場以3比1戰勝柏林赫塔后贏得了它們的第23個德甲錦標。此時距離賽季結束尚余7場比賽，開季27場尚未吞敗的拜仁再次打破了上賽季所創的紀錄，成為德甲歷史上最早產生的應屆冠軍，然而隨后三場遭遇了一和兩敗且狂失七球的亂流，包含輸給了德甲第二的多特蒙德，使得拜仁無法打破上季的各項記錄（積分90、分差19、凈勝球差+71、失球23、敗場2，僅有追平29勝的紀錄）。2014年5月17日，拜仁又在2014年德國杯決賽（英語：2014 DFB-Pokal Final）中以2比0擊敗多特蒙德，贏得了俱樂部歷史上的第十個聯賽及杯賽雙冠王。但時任俱樂部主席烏利·赫內斯于2014年3月13日被判逃稅，并處以三年半的監禁。他于翌日辭職。原副主席卡爾·霍普夫納于5月2日當選新任主席。

在2014-15賽季開始前，拜仁簽入了剛與多特蒙德合同期滿的羅伯特·萊萬多夫斯基，并從皇家馬德里簽下老將哈維·阿隆索。但同時，拜仁也無法阻止世界杯上表現杰出的托尼·克羅斯轉投皇馬。隔年，俱樂部的旗幟人物巴斯蒂安·施魏因斯泰格和克勞迪奧·皮薩羅則于2015-16賽季前離開。在這兩個賽季中，拜仁均能衛冕自己的聯賽冠軍，包括在2015-16賽季以17球打破德甲單季最低掉球記錄并同時獲得雙冠王，但連三季歐冠聯賽止步半決賽導致了俱樂部上下的失望，因為他們的期望是瓜迪奧拉能夠帶領俱樂部奪得第六座歐冠獎杯。盡管拜仁的領導層試圖挽留瓜迪奧拉，但這位西班牙主帥決定不再續簽他的三年合同。

隨著瓜迪奧拉轉而執掌英超俱樂部曼城，其原職位被意大利人卡洛·安切洛蒂取代。2016-17賽季的重要轉會是來自多特蒙德的馬茨·胡梅爾斯。在場外，烏利·霍內斯已從獄中獲釋，并于2016年11月再度當選主席。安切洛蒂率領拜仁完成德甲聯賽五連冠，但沒有贏得杯賽或歐冠冠軍：在德國杯半決賽2比3輸給了多特蒙德；而歐冠八強賽對陣皇馬時，雖在主場1比2落敗，但在客場比賽時原先占盡優勢，卻被多次的誤判影響：首先C羅靠著一次明顯越位的進球逼入加時賽、而即將進入加時賽前，比達爾又因為從后方對阿森西奧的一次鏟球被吹判紅牌，但重播顯示實際上比達爾是先碰到球的（雖然他在鏟球完后沒有立刻收腳而絆倒了應該能重新要回球權的阿森西奧，光憑這點他也很可能會領到本場第二張黃牌）、萊萬多夫斯基有一次單刀的機會被吹判越位，但實際上馬塞洛比他還靠近皇馬球門、卡賽米羅整場多次嚴重犯規卻只有領到一張黃牌等等，幾次嚴重的誤判導致體力耗盡且少一人的拜仁在加時賽被連進三球（實際上就連加時賽的三球中也有一球是明顯越位），以3比6落敗。

2017年7月，拜仁宣布將獨自使用安聯競技場，因為同城俱樂部慕尼黑1860因經濟問題遭到德國足協降級至第四級聯賽，將和拜仁的二隊共用較小型的綠森林體育場。在2017-18賽季開始前，拜仁進行了大規模換血，相繼簽入金斯利·科曼、科朗坦·托利索、塞爾吉·格納布里和尼克拉斯·聚勒等年輕球員，并從皇家馬德里借入哈梅斯·羅德里格斯。與此同時，球隊隊長菲利普·拉姆和哈維·阿隆索退役，其它幾名球員也離開了俱樂部。賽季開局階段在歐冠德甲兩頭成績皆不佳且失去球員支持的氛圍下，安切洛蒂遭到解雇。在威利·薩尼奧爾短暫接過主帥一職過渡后，由功勛名帥尤普·海因克斯再度出任拜仁主帥完成賽季剩余比賽。海因克斯也不負眾望完美達成了這次的救火任務，他在第7輪結束上任時拜仁還落后榜首多特蒙德5分，且主力門將諾伊爾預計會因傷錯過整個賽季的情況下迅速帶領球隊進入狀況，僅用了一個月就回到榜首并一路拉開差距，最后27場比賽豪取23勝的拜仁在還剩下6輪的時候就毫無壓力的再次獲得聯賽冠軍，該季德甲第二名的沙爾克04整季也才只拿了63分，還輸給海因克斯27場任內的70分不少。歐冠賽場上，拜仁在主場對陣直接導致安切洛蒂被開除的巴黎圣日耳曼的小組賽中完成復仇而確保了十六強席次，僅因得失分差居小組第二，并在簽運不錯的情況下連續輕松擊敗貝錫克塔斯和塞維利亞兩支隊伍，半決賽上遇到了海因克斯的老東家、以及前一年在滿滿爭議下擊倒拜仁的皇馬，主場先以1比2輸球，在客場因本季的主力門將烏爾賴希一次失誤送禮而錯失加時賽的機會，以3比4輸球而止步四強；而在同年的德國足協杯決賽，即海因克斯作為主教練的最后一場比賽中，他在球場上與自己的繼任者相遇。最終尼科·科瓦奇率領的和睦法蘭克福以3比1擊敗拜仁。在賽季期間，拜仁不斷在公開場合敦促海因克斯續約，但這位73歲的老帥堅持將在賽季結束后退休。俱樂部開始了漫長的廣泛搜索，以尋求合適的繼任者，最終前拜仁球員科瓦奇被選定為候任主帥，并簽署了一份為期三年的合同。

尼科·科瓦奇在拜仁的第一個賽季進展緩慢，球隊在超級杯中5比0大勝科瓦奇的老東家法蘭克福，但整個德甲賽季的前半段都落后于多特蒙德。但與上任超過一年的范加爾和安切洛蒂的類似境遇相反，俱樂部高層這次決定保護他們上任未滿一年的主教練免受批評。在冬歇期后，拜仁表現回穩迅速縮小差距，在第28輪的國家德比上5-0血洗多特蒙德后正式回歸榜首，雖然之后又因多次和局而遲遲無法拉開差距，但還是以2分的微小差距有驚無險的完成德甲的七連霸。在歐冠聯賽中，球隊雖然能在一個沒有其他五大聯賽球隊的小組以第一晉級，但于首輪淘汰賽便遭最終奪冠的利物浦淘汰，這是自2011年以來拜仁首次無法進入八強；而在德國足協杯，拜仁從開賽起每輪都以一球險勝，直到決賽以3-0痛擊德甲新銳球隊萊比錫紅牛，完成了雙冠王，雖說整體表現不如去年，但多獲得了一項獎杯，科瓦奇算是不過不失的完成了本賽季。在賽季期間，兩大功勛名將羅本及里貝里先后宣布這將是他們在俱樂部的最后一個賽季，在最后一場德甲比賽中，兩人在安排下以替補登場接受安聯滿場主場球迷的歡呼并雙雙進球而確保了兩人合作十年來的第八個德甲冠軍，季末羅本退休、而里貝里轉投意甲。2019年1月，拜仁宣布前一年世界杯上一鳴驚人的法國后衛帕瓦爾將會由斯圖加特轉隊加入；隨后，拜仁在3月宣布他們已經從馬德里競技簽下另一名來自法國的后衛盧卡斯·埃爾南德斯，并為此斥資創德甲紀錄的8000萬歐元轉會費，兩人均會在下季開始時加入。

漢西·弗利克于2019年7月1日以助理教練的身份加入拜仁慕尼黑。在科瓦奇治下，拜仁在2019-20賽季中的開局同樣緩慢，當以1比5慘敗于和睦法蘭克福之后，科瓦奇與拜仁于2019年11月3日分道揚鑣，弗利克獲提拔為代理主教練。在經歷了一段令人滿意的臨時主帥生涯后，拜仁于2019年12月22日宣布弗利克將繼續擔任主教練。在弗利克治下，球隊贏得聯賽冠軍，踢出了德甲歷史上最成功的單季下半程，除一場平局之外，他們贏下了所有比賽。拜仁還贏得了德國足協杯冠軍，完成俱樂部的第13次國內雙冠王。在歐冠聯賽中，拜仁自2013年以來首度進軍決賽，其間在四分之一決賽中曾以8比2大勝巴塞羅那。由于受新冠病毒疫情影響，拜仁只能在里斯本舉行的閉門決賽中以1比0戰勝巴黎圣日耳曼，并由前巴黎球員金斯利·科曼射入全場唯一進球。他們因此成為繼巴塞羅那之后第二支在兩個不同賽季完成三冠王的歐洲俱樂部。

2020-21賽季伊始，拜仁歷史上第二度贏得歐洲超級杯。他們還在2020年俱樂部世界杯決賽以1比0戰勝墨西哥的新萊昂自治大學老虎后奪得冠軍，成為繼2009年的巴塞羅那之后，第二支獲得六冠王（英語：Sextuple (association football)）的球隊。拜仁還連續第九次贏得德甲冠軍。本賽季，萊萬多夫斯基在29場比賽中射入41球，打破蓋德·穆勒此前保持了四十九年的德甲單季進球紀錄。弗利克于2020-21賽季結束后離開，執教德國國家隊，在弗里克的要求下，時任RB萊比錫主帥的尤利安·納格爾斯曼接替了他的職位。據多家媒體報道，拜仁為此向萊比錫支付了2500萬歐元作為納格爾斯曼的補償金，創下了挖角主教練金額的世界紀錄。

在納格爾斯曼治下，拜仁順利贏得德甲第10連冠。但他于2023年3月遭拜仁解雇，由托馬斯·圖赫爾取而代之。在與多特蒙德的激烈冠軍爭奪戰中驚險獲勝后，圖赫爾帶領俱樂部創紀錄地連續第11次奪冠。2023年8月，拜仁再次打破德國轉會紀錄，從托特納姆熱刺簽下了時任英格蘭隊長、歷史最佳射手哈里·凱恩，轉會費據報高達1.1億歐元。2024年2月，拜仁與圖赫爾在賽季結束后宣布結束合作。2023-24賽季德甲是拜仁近十年來首個沒有贏得冠軍的賽季，他們在競爭中輸給了勒沃庫森。

2024年5月29日，樊尚·孔帕尼獲任命為拜仁新任主教練，并簽訂了一份為期三年的合同。他們以3比2戰勝沃爾夫斯堡，開啟了2024-25賽季德甲的征程。2025年5月5日，隨著競爭對手勒沃庫森在客場與弗賴堡以2比2戰平，拜仁得以提前兩輪奪冠，加冕他們的第34次德國足球冠軍。

德國杯方面，拜仁在十六強主場被勒沃庫森1球淘汰，諾伊爾也因冒失出擊吞下生涯首紅。

可惜球隊在歐冠表現并不亮眼，瑞士輪階段雖抽中上上簽，但拜仁毫無征兆輸掉所有不在德國進行的比賽，尤其是在第七輪莫名其妙被費耶諾德0-3血洗令球隊提前一輪鎖定附加賽席位，最終5勝3負積15分，附加賽幸運抽到凱爾特人，拜仁在客場雖1-0拿下比賽，但在主場被凱爾特人扳平后全場壓制，直至最后由阿方索·戴維斯讀秒絕殺才死里逃生。淘汰賽首輪抽中藥廠，拜仁終于擺脫瑞士輪期間頹勢，兩回合5-0血洗勒沃庫森，八強賽遇國際米蘭，首回合被國米早早取得領先，但在最后由托馬斯·穆勒打入準絕平球后三分鐘被弗拉泰西再次絕殺，最終主場1-2落敗交出晉級主動，次回合移師圣西羅，哈里凱恩雖在第52分鐘將大比分扳平，但隨后拜仁迅速丟掉兩球，戴爾在76分鐘的進球于事無補，最終拜仁3-4告負止步八強，提前無緣主場舉辦的歐冠決賽。

在2025年的休賽期中，拜仁慕尼黑參加了改制后的首屆俱樂部世界杯，小組賽率先取得兩連勝（尤其是在當屆比賽歐洲球隊遇南美球隊全敗的情況下推翻了博卡青年）第一個從世俱杯小組賽出線，但出線后卻不可理喻的隊史首次輸給本菲卡掉到小組第二，最后在八強賽中盡管多打兩人，還是0-2不敵當季歐冠冠軍巴黎圣日爾曼，且球隊大核穆西亞拉也在本場比賽中在和巴黎門將多納魯馬的拼搶中重傷。

不過，在隨后的季前友誼賽與2025至2026賽季中，拜仁慕尼黑展現出了強大的競技狀態。不僅在開賽后狂攬德甲16連勝（截至2026年1月24日），還在2025年至2026年歐洲冠軍聯賽的聯賽階段中接連戰勝世俱杯衛冕冠亞軍——切爾西與巴黎圣日爾曼，最終8戰7勝僅輸給阿森納，排名瑞士輪第二名直接出線，還取得了全程先客后主的比賽優勢。國內聯賽方面，拜仁慕尼黑也以不敗戰績領跑德甲，其中不乏有8比1狂勝沃爾夫斯堡、2比1力克多特蒙德、主客場6-0和5-1雙大破萊比錫等精彩比賽。隨著賽程不斷增多，拜仁多線作戰的壓力不斷增大，最終不堪重負，在德甲第19輪比賽中主場1比2爆冷輸給保級區的奧格斯堡，不敗紀錄止步18輪。